Τα εμπορευματοκιβώτια (Ε/Κ) διακινούνται μέσω ειδικά διαμορφωμένου χώρου που βρίσκεται στο δυτικό τμήμα της 6ης προβλήτας (κρηπίδωμα 26). Ο Σταθμός Εμπορευματοκιβωτίων (ΣΕΜΠΟ), μήκους 550μ και πλάτους 340μ, έχει δυνατότητα υποδοχής πλοίων με βύθισμα μέχρι 12 μέτρα. Είναι τμήμα της Ελεύθερης Ζώνης, καταλαμβάνει έκταση 254.000 τ.μ. και έχει αποθηκευτική ικανότητα περίπου 5.000 TEUs σε θέσεις εδάφους.

Το ΣΕΜΠΟ σχεδιάσθηκε και δημιουργήθηκε με βάση τα δεδομένα σύγχρονων τεχνολογιών και είναι εξοπλισμένο με σύγχρονα μηχανήματα χειρισμού εμπορευματοκιβωτίων. Μέσα στον σταθμό υπάρχουν εγκαταστάσεις και κλιμάκιο τεχνικής υποστήριξης. Για τη φορτοεκφόρτωση των Ε/Κ από/σε πλοία χρησιμοποιούνται 4 γερανογέφυρες, εκ των οποίων οι δύο είναι post panamax.

Το Σ.ΕΜΠΟ συνδέεται με διπλή σιδηροδρομική γραμμή με το εθνικό σιδηροδρομικό δίκτυο. Για τη φορτοεκφόρτωση των Ε/Κ από/προς σιδηροδρομικά βαγόνια χρησιμοποιείται 1 transtainer ανυψωτικής ικανότητας 50 τν. Το ΣΕΜΠΟ διαθέτει 380 ρευματολήπτες (380V) για Ε/Κ ψυγεία. Για τη διακίνηση, αποθήκευση και στοιβασία των Ε/Κ εντός του terminal χρησιμοποιούνται κυρίως straddle carriers και πλήθος άλλων μηχανημάτων χειρισμού Ε/Κ: (tractors, front lifts, trailers, περονοφόρα ανυψωτικά μηχανήματα κα). Το ΣΕΜΠΟ διαθέτει Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Διαχείρισης Εμπορευματοκιβωτίων που αναβαθμίζει τις υπηρεσίες του και αυξάνει την ανταγωνιστικότητά του. 

Το Σ.ΕΜΠΟ διακρίνεται για:

• Την εξυπηρέτηση των πλοίων καθ' όλη τη διάρκεια του 24ώρου, 365 ημέρες το έτος με ενιαία τιμή (Flat Rates)
• Την υψηλή παραγωγικότητα στη φορτοεκφόρτωση και εξυπηρέτηση των πλοίων
• Την ύπαρξη Τελωνειακού Κλιμακίου για ταχεία εξυπηρέτηση πελατών και φορτίου

Τον Σταθμό Εμπορευματοκιβωτίων προσεγγίζουν σχεδόν όλες οι ναυτιλιακές γραμμές μεταφοράς Ε/Κ όπως: MSC, Maersk, Evergreen, COSCΟ, CMA CGM, ARKAS, ZIM, Hapag Lloyd, κα.