Σκοπός της εκπόνησης της μελέτης του Γενικού Προγραμματικού Σχεδίου Ανάπτυξης (MASTER PLAN) είναι αφενός η αντιμετώπιση των υφιστάμενων και μελλοντικών αναγκών του λιμένα, ώστε να ανταποκρίνεται με επιτυχία στο λιμενικό ανταγωνισμό (ως προς την ταχύτητα, ασφάλεια και οικονομία των προσφερόμενων υπηρεσιών) ως σημαντικός Λιμένας – Πύλη της Νοτιοανατολικής Ευρώπης, αφετέρου ο σωστός προγραμματισμός της μελλοντικής εξέλιξης και ανάπτυξης του λιμένα με γνώμονα τα τεχνοοικονομικά στοιχεία, από την άποψη τόσο της κατασκευής έργων (λιμενικών ή έργων επιδομής), όσο και προμήθειας κατάλληλου μηχανολογικού εξοπλισμού/συστημάτων διαχείρισης φορτίων.

Κύριος στόχος της σύνταξης του Προγραμματικού Σχεδίου Ανάπτυξης για την Ο.Λ.Θ. Α.Ε., με ορίζοντα εικοσιπενταετίας (έτος 2040), είναι ο ολοκληρωμένος σχεδιασμός των διαφόρων τομέων-εγκαταστάσεων κατά μέγεθος και θέση, έτσι ώστε στο διατιθέμενο χώρο της χερσαίας ζώνης λιμένα να επιτευχθεί η βέλτιστη λειτουργικότητα και η μέγιστη δυναμικότητα εξυπηρέτησης.

Η στρατηγική της Ο.Λ.Θ. Α.Ε. έχει στόχο τη βιώσιμη ανάπτυξη των λιμενικών λειτουργιών με την προσφορά νέας χωρητικότητας (capacity), την βελτίωση της ποιότητας των παρεχόμενων υπηρεσιών με φιλικό προς το περιβάλλον τρόπο, την εξέλιξή του σε smart port, καθώς και την αξιοποίηση των πλεονεκτημάτων της γεωγραφικής θέσης του Λιμένα, με σκοπό ο Λιμένας Θεσσαλονίκης να κατέχει στρατηγική θέση, για τα εμπορεύματα προέλευσης/προορισμού, στο σύστημα των θαλασσίων και συνδυασμένων μεταφορών της Ανατολικής Μεσογείου και της ΝΑ Ευρώπης.

Οι στρατηγικοί στόχοι της Ο.Λ.Θ. Α.Ε. είναι οι παρακάτω:

• Ενίσχυση της ανταγωνιστικής θέσης του Λιμένος Θεσσαλονίκης όσον αφορά στη διακίνηση εμπορευματοκιβωτίων (Ε/Κ), ώστε να καταστεί ο Σταθμός Εμπορευματοκιβωτίων (ΣΕΜΠΟ) σημαντικός κόμβος συνδυασμένων μεταφορών για τα Ε/Κ transit στην ευρύτερη περιοχή της ΝΑ Ευρώπης και τα εγχώρια Ε/Κ. Για την επίτευξη αυτού του στόχου ο ΣΕΜΠΟ σχεδιάζεται να επεκταθεί σε βαθύτερα κρηπιδώματα βάθους -16m, ώστε να εξυπηρετεί τα μεγάλα πλοία τακτικών γραμμών.
• Ενίσχυση της ανταγωνιστικής του θέσης στην ευρύτερη περιοχή της ΝΑ Ευρώπης ως λιμένα διακίνησης συμβατικού φορτίου transit και στον ελληνικό χώρο ως κύριου λιμένα διακίνησης συμβατικού φορτίου. Για την επίτευξη αυτού του στόχου σχεδιάζεται να επεκταθεί το ανατολικό μέρος του προβλήτα 6 σε βαθύτερα κρηπιδώματα βάθους -16m, για την εξυπηρέτηση πλοίων μεταφοράς ξηρού χύδην φορτίου μεταφορικής ικανότητας μεγαλύτερης των 100.000 τόνων.
• Αύξηση της δραστηριότητας διερχόμενης κρουαζιέρας (transit) και ανάπτυξη μεσοπρόθεσμα της κρουαζιέρας αφετηρίας (home port).
• Προσέλκυση διακίνησης Ro-Ro από τουρκικούς λιμένες του Αιγαίου προς την Κεντρική Ευρώπη και τα Βαλκάνια.
• Αξιοποίηση και ανάπλαση των χώρων και διαθέσιμων κτιριακών υποδομών του λιμένα για σύγχρονες λιμενικές δραστηριότητες, καθώς και για επιχειρηματικές και πολιτιστικές – κοινωνικές δραστηριότητες που συνδέουν την πόλη με το λιμένα.
• Ανάπτυξη της ακτοπλοϊκής λειτουργίας από/προς νησιά του Αιγαίου.