Η μεταφορά του κύριου λιμένος της Μακεδονικής Αυτοκρατορίας από τη λιμνοθάλασσα της Πέλλας στη Θεσσαλονίκη ήταν απαραίτητη, για την καλύτερη εξυπηρέτηση των αυξανομένων εισαγωγικών και εξαγωγικών αναγκών των Μακεδόνων, κυρίαρχων του γνωστού τότε κόσμου. Το λιμάνι της Θεσσαλονίκης απετέλεσε σημαντικό ναυτικό κέντρο καθ' όλη την περίοδο της Μακεδονικής Αυτοκρατορίας.

Ρωμαϊκή Περίοδος (168 πΧ-330 μΧ)

Κατά τη διάρκεια της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας, το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, ευρισκόμενο στο κέντρο της ανατολικής περιοχής της, με την πόλη της Θεσσαλονίκης πρωτεύουσα της Ρωμαϊκής επαρχίας της Μακεδονίας, ανεδείχθη σε μεγάλο θαλάσσιο συγκοινωνιακό κέντρο.

Η Εγνατία οδός, που κατασκευάστηκε από το 146 πΧ-120 πΧ, συνέδεε το Δυρράχιο με το Βυζάντιο περνούσε από τη Θεσσαλονίκη, καθώς και οι διακλαδώσεις της προς βορρά (Νις) και νότο (Αθήνα), που ξεκινούσαν από τη Θεσσαλονίκη, προσέδωσαν στο λιμάνι εύκολη πρόσβαση σε μια μεγάλη ενδοχώρα.

Η στρατηγική θέση και οι συνδέσεις του, κατέστησαν το λιμάνι της Θεσσαλονίκης ένα από τα αξιολογότερα λιμάνια της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας με κίνηση ιδιαίτερα σημαντική καθ' όλη τη διάρκεια της.

Βυζαντινή Περίοδος (330 μΧ-1430 μΧ)

Κατά τη διάρκεια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας το λιμάνι της Θεσσαλονίκης αναπτύχθηκε ακόμη περισσότερο.
Ο αυτοκράτωρ του Βυζαντίου Μέγας Κωνσταντίνος κατασκεύασε νέο λιμένα (306 μΧ-337 μΧ), σε σχήμα τετραγώνου, έξω από τα τείχη της πόλης, στα δυτικά αυτής, ο οποίος ήταν προστατευμένος, από τους νότιους ανέμους, με κυματοθραύστη (τσερέμπουλο) και έφερε αλυσίδα στην είσοδό του που είχε ανατολικό προσανατολισμό.

Το νέο λιμάνι λόγω των εγκαταστάσεων του και των οδικών συνδέσεων της Θεσσαλονίκης, η οποία ήταν η πολυπληθέστερη και σημαντικότερη πόλη της Αυτοκρατορίας μετά την Κωνσταντινούπολη, απετέλεσε το κύριο λιμάνι της ευρύτερης περιοχής. Καθ' όλη τη διάρκεια της υπερ-χιλιόχρονης ιστορίας της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, το λιμάνι της Θεσσαλονίκης ήταν η φυσική επιλογή για την εξυπηρέτηση του εισαγωγικού, εξαγωγικού και διαμετακομιστικού εμπορίου της ευρύτερης περιοχής.

Οθωμανική Περίοδος (1430 μΧ-1912 μΧ)

Κατά τις πρώτες δεκαετίες, μετά την κατάληψη της Θεσσαλονίκης από τον σουλτάνο Μουράτ τον Β' το 1430, η πόλη σχεδόν ερήμωσε. Η Θεσσαλονίκη και το λιμάνι της ξαναβρήκε σιγά - σιγά την παλιά της αίγλη μετά τον εποικισμό της, από Έλληνες, Τούρκους και Ισραηλίτες (1470 Ασκεναζίμ από Γερμανία και Ουγγαρία, 1492 Σεφαρδίμ από Ισπανία).

Το λιμάνι της Θεσσαλονίκης συνδέθηκε με τακτικές θαλάσσιες γραμμές με όλα τα γνωστά λιμάνια της Μεσογείου και εξυπηρετούσε με μεγάλη επιτυχία τις ανάγκες της μεγάλης ενδοχώρας του, καθιστώντας το ξανά ένα από τα πρώτα λιμάνια της Ανατολής.

Το 1870 κατεδαφίσθηκε το παραλιακό τείχος της πόλης και το 1876 κατασκευάσθηκε η προκυμαία της σημερινής παλιάς παραλίας. Το 1871 κατασκευάστηκε η σιδηροδρομική γραμμή Θεσσαλονίκης – Σκοπίων, η οποία το 1888 ενώθηκε με το Βελιγράδι, συνδέοντας έτσι τη Θεσσαλονίκη με το Ευρωπαϊκό σιδηροδρομικό δίκτυο.

Το 1893 κατασκευάστηκε η σιδηροδρομική γραμμή Θεσσαλονίκης – Φλώρινας – Μοναστηρίου και το 1895 η γραμμή Θεσσαλονίκη - Αλεξανδρούπολη - Κωνσταντινούπολη.

Σύγχρονη ιστορία

Η σύγχρονη ιστορία του λιμένος ξεκινά την τελευταία δεκαετία του 19ου αιώνα με την επέκταση της προκυμαίας της Θεσσαλονίκης προς τη θάλασσα και τη δημιουργία τμήματος της ανατολικής πλευράς, της σημερινής 1ης προβλήτας.

Το 1904, υπογράφεται σύμβαση μεταξύ της Τουρκίας και της Γαλλίας για την κατασκευή και εκμετάλλευση νέων έργων στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης. Την κατασκευή των έργων αναλαμβάνει η νεοσυσταθείσα Γαλλική εταιρεία Société Anonyme Ottomane de Construction et Exploitation du Port de Salonique, με δικαίωμα εκμετάλλευσης αυτών έως το 1944. Σε μικρό χρονικό διάστημα, ολοκληρώνεται η 1η προβλήτα και κατασκευάζεται το κρηπίδωμα μεταξύ της 1ης και 2ης προβλήτας, το ανατολικό κρηπίδωμα του 2ου προβλήτα, τμήμα του σημερινού κυματοθραύστη, σιδηροδρομικό δίκτυο, δίκτυα ύδρευσης, φωταερίου και υπονόμων καθώς και αποθήκες επί της 1ης προβλήτας. Επίσης αγοράστηκαν οι πρώτοι γερανοί για τη φορτοεκφόρτωση των εμπορευμάτων από τα πλοία.

Έως το 1912 ολοκληρώνεται και η κατασκευή του κτιρίου των Τελωνείων, έργο σχεδιασμένο από τον λεβαντίνο αρχιτέκτονα Alexandre Vallaury και κατασκευασμένο από τον αρχιτέκτονα Ελί Μοδιάνο. Στις 26 Οκτωβρίου 1912 η Θεσσαλονίκη και το λιμάνι της απελευθερώνονται από τον Ελληνικό Στρατό. Με τη λήξη των Βαλκανικών πολέμων (1913) και τον καθορισμό των συνόρων των Βαλκανικών κρατών, το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, το οποίο εξυπηρετούσε μεγάλη έκταση της Βαλκανικής χερσονήσου, περιόρισε την ενδοχώρα του στην Ελληνική επικράτεια (περίπου 80 χλμ βόρεια της Θεσσαλονίκης).

Για τη συνέχιση του φυσικού ρόλου του λιμένος, που αποτελεί την εξυπηρέτηση των κατοίκων όλης της Βαλκανικής, η Ελληνική Κυβέρνηση ίδρυσε, το 1914, την Ελευθέρα Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης. Ο χώρος της καταλάμβανε τη μεγαλύτερη έκταση του λιμένος, διαχωρισμένης με περιτείχισμα από το υπόλοιπο αποκαλούμενο Ελεύθερο Λιμάνι που καταλάμβανε την 1η προβλήτα. Στον χώρο αυτό όλα τα διακινούμενα, αποταμιευόμενα και φορτοεκφορτωμένα εμπορεύματα κινούνται χωρίς τελωνειακή επίβλεψη και απαλλάσσονται των εισαγωγικών δασμών ή άλλων φόρων πλην των φορτοεκφορτωτικών και αποθηκευτικών δικαιωμάτων.

Για την εξυπηρέτηση του Γιουγκοσλαβικού διαμετακομιστικού εμπορίου μέσω του λιμένος της Θεσσαλονίκης, ιδρύθηκε, λόγω των φιλικών σχέσεων των δύο χωρών, το έτος 1923, η Γιουγκοσλαβική Ελευθέρα Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης, η οποία εγκαταστάθηκε σε περιτειχισμένο χώρο 94.000 τμ που περιελάμβανε τον προβλήτα 2 με κρηπίδωμα εξυπηρέτησης των πλοίων το κρηπίδωμα 9. Η Γιουγκοσλαβική Ελευθέρα Ζώνη καταργήθηκε το 1975 και μετά τη λήξη των παρατάσεων της σύμβασης το 1995, τα γιουγκοσλαβικά εμπορεύματα διακινούνται από την Ελεύθερη Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης χωρίς ειδικές διατάξεις.

Κατά τη διάρκεια του Β' παγκοσμίου πολέμου το λιμάνι της Θεσσαλονίκης καταλαμβάνεται από τον γερμανικό στρατό (1941-1944) και λόγω του συνεχούς βομβαρδισμού του, από την Αγγλική και Αμερικανική Αεροπορία καθώς επίσης και την ανατίναξη των εναπομεινάντων εγκαταστάσεων από τους Γερμανούς κατά την αποχώρηση τους, σχεδόν το σύνολο των λιμενικών εγκαταστάσεων καταστράφηκε.

Από το τέλος του Β' παγκοσμίου πολέμου και έως σήμερα το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, συνεχώς επεκτείνεται προς τα δυτικά, καταρχήν με την αποκατάσταση των εγκαταστάσεων και μετέπειτα με την κατασκευή νέων προβλητών, αποθηκευτικών χώρων, οδικών αξόνων και σιδηροδρομικών γραμμών, με ταυτόχρονη αγορά σύγχρονου μηχανολογικού εξοπλισμού. Αμέσως μετά τον πόλεμο το έτος 1946, κατασκευάζεται η 3η προβλήτα (προβλήτα Λαγκασάιρ). Το 1962 ολοκληρώνεται η 4η προβλήτα (προβλήτα Μπεχτσινάρ) και το 1966 η 5η προβλήτα. Το 1972 άρχισε η κατασκευή της 6ης προβλήτας, της οποίας το μεγαλύτερο τμήμα ολοκληρώθηκε έως το 1989, χρόνο έναρξης της λειτουργίας του Σταθμού Εμπορευματοκιβωτίων.

Τη δεκαετία του 1990 ολοκληρώνεται το μεγαλύτερο μέρος του έργου της εκβάθυνσης - αφαίρεσης ιλύος - επιχωμάτωσης της βάσης του 6ου προβλήτα, αναβαθμίζοντας περιβαλλοντικά την περιοχή και ταυτόχρονα αυξάνοντας σημαντικά την αποθηκευτική ικανότητα του λιμένος της Θεσσαλονίκης. Επίσης κατασκευάζεται η απευθείας, με παράκαμψη της πόλης, οδική σύνδεση του λιμένος με το εθνικό οδικό δίκτυο της χώρας.