Η Ο.Λ.Θ. Α.Ε. δίνει ιδιαίτερη βαρύτητα στην προστασία του περιβάλλοντος.

Για το λόγο αυτό διαθέτει εγκεκριμένο σχέδιο διαχείρισης αποβλήτων πλοίων που καταπλέουν στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης καθώς και σχέδια έκτακτης ανάγκης για την αντιμετώπιση περιστατικών ρύπανσης της θάλασσας από πετρέλαιο και επικίνδυνες ουσίες.

Επίσης ανακυκλώνει το σύνολο των αποβλήτων που παράγονται από τις εγκαταστάσεις της όπως, ελαστικά στο τέλος του κύκλου ζωής, απόβλητα λιπαντικών ελαίων, ξύλινη συσκευασία (τακαρία), μεταλλική συσκευασία (τσέρκια), αδρανή από εκσκαφές και κατεδαφίσεις, σιδηρούχα μέταλλα (scrap), φίλτρα λαδιού και πετρελαίου, λιπασμένα ροκανίδια και υφάσματα.

Παράλληλα πραγματοποιεί μετρήσεις ποιότητας θαλασσίου περιβάλλοντος και διαθέτει μονάδα μέτρησης ατμοσφαιρικής ρύπανσης και πρόγραμμα μετρήσεων θορύβου για το σύνολο των εγκαταστάσεων και του μηχανολογικού εξοπλισμού.